cron создает некорректные файлы логов

удалось воспроизвести такое поведение, добавив (в файле crontab) перед концом строки символ \r (он же cr, он же carriage return, шестнадцатиричный код 0d). т.е., сделать «dos-овский» вариант окончания строки: \r\n.

в программе vim вернуть нормальные «unix-овские» окончания строк можно командой:

:set ff=unix

файл после этого надо будет сохранить:

:w

как сделать подобное в вашем любимом редакторе — смотрите в его документации.

вот так выглядит файл с «unix-овским» переводом строки:

$ cat goodcrontab
* * * * * touch /tmp/somefile
$ hexdump -C goodcrontab
00000000  2a 20 2a 20 2a 20 2a 20  2a 20 74 6f 75 63 68 20  |* * * * * touch |
00000010  2f 74 6d 70 2f 73 6f 6d  65 66 69 6c 65 0a        |/tmp/somefile.|
0000001e

а вот так с «dos-овским»:

$ cat /tmp/wrongcrontab
* * * * * touch /tmp/somefile
$ hexdump -C /tmp/wrongcrontab
00000000  2a 20 2a 20 2a 20 2a 20  2a 20 74 6f 75 63 68 20  |* * * * * touch |
00000010  2f 74 6d 70 2f 73 6f 6d  65 66 69 6c 65 0d 0a     |/tmp/somefile..|
0000001f

Создайте файл /usr/local/bin/myfilename.sh:

sudo cat > /usr/local/bin/myfilename.sh <<EOF
#!/usr/bin/sh
$(echo $(env) '/usr/bin/php /www/mysite/filename.php > /www/mysite/output.txt')
EOF
sudo chmod 755 /usr/local/bin/myfilename.sh

В cron прописываете:

0 23 * * *   /usr/local/bin/myfilename.sh