Functions … is deprecated

Сама библиотека libmcrypt заброшена в 2007 году.

В прошлом году разработчики PHP приняли предложение объявить расширение mcrypt устаревшим в связи с тем, что базовая библиотека имеет ошибки и не поддерживается, а так же из-за довольно плохо спроектированного набора функций, способствующего появлению ошибок в криптографии. Когда-нибудь позже расширение будет выселено в PECL пакет и поддерживаться уже не будет.

Касательно именно вашего phpmyadmin - последний релиз 4.6.5.2 вышел 5 декабря, ошибку заметили и исправили только 10 декабря. Банально сообщество phpmyadmin прохлопало подготовку release notes вышедшего 1 декабря PHP 7.1 и никто даже не протестировал совместимость ни во время альфа и бета тестов, ни релиз кандидаты.

Обратите внимание на комментарий коммитера, кстати:

There will be more problems in PHP 7.1 and 4.6 right now.

Видимо, известны ещё другие проблемы работы phpmyadmin 4.6 под PHP 7.1.