Как правильно создать меню в PHP

Вы можете делать меню какое угодно. Сегодня у вас там нет строк с php кодом, но завтра он может появиться. Вообще, структура меню планируется на этапе проектирования. Например:

<?php if($Admin): ?>
    <ul>
        <li><a href="/home">Home</a></li>
        <li><a href="/about">About</a></li>
        <li><a href="/see">See</a></li>
    </ul>
<?php else: ?>
    <ul>
        <li><a href="/about">About</a></li>
    </ul>
<?php endif ?>

Выше указанный пример демонстрирует, то как завтра вам могут сказать, выводи всем только страницу about, а админам всё.

По поводу, что необходимо использовать include или require почитать тут.