Как удалить пустые строки в конце файла?

Функция trim

Правда удаляет не только в конце, но и в начале.

$str = 'Строка
Строка
';
$str = trim($str);

код, который будет удалять пустые строки в конце файла

Читаете файл например в массив; получаете последний элемент массива; проверяете этот элемент на пустоту, и удаляете этот элемент из массива (если он пуст). Ну а далее, если нужно, перезаписываете ваш текст файл. Ниже пример без перезаписи файла:

$file = 'file.txt';
$lines = file_exists($file) ? file($file, FILE_IGNORE_NEW_LINES) : [];
if (empty(end($lines))) {
    unset($lines[key($lines)]);
}
var_dump($lines);

Результат:

array (size=3)
  0 => string 'Строка' (length=12)
  1 => string '' (length=0)
  2 => string 'Строка' (length=12)