Оптимизация PNG на PHP с помощью GD

Если речь о том, чтобы оптимизировать файл изображения, сократив его объем, то gd так не умеет, я рекомендую использовать утилиту optipng

http://optipng.sourceforge.net/

синтаксис optipng [options] file

Если речь о банальном уменьшении размера картинки, то нужно просто установить blending mode в false, опцию save alpha channel в true:

<?php
 $newImg = imagecreatetruecolor($nWidth, $nHeight);
 imagealphablending($newImg, false);
 imagesavealpha($newImg,true);
 $transparent = imagecolorallocatealpha($newImg, 255, 255, 255, 127);
 imagefilledrectangle($newImg, 0, 0, $nWidth, $nHeight, $transparent);
 imagecopyresampled($newImg, $im, 0, 0, 0, 0, $nWidth, $nHeight,
                      $imgInfo[0], $imgInfo[1]);
?>