Подключение файлов php

Ошибка не в этой строчке, а во второй строчке файла header.php. В этой строчке вы, по всей видимости, подключаете function/main_menu.php. И вот этот файл и не находит. По видимому, у него другой адрес по отношению к запускаемому вами. Для сохранения относительных путей вне зависимости от запускаемого файла используйте волшебную константу __DIR__.

Пример:

<?php 
include __DIR__ . '/../../site_parts/function/main_menu.php';
include __DIR__ . '/../../site_parts/header.php';