Проблема с json в while

Посмотрите на свой код

foreach($files as $key=>$lol){
    $result = [
        $key-1=> $lol
    ];
    echo json_encode($result);
}

на каждой итерации цикла вы заново определяете массив, и сразу же выводите результат. Вам же надо на итерации добавлять элемент, а вывести все в конце

foreach($files as $key=>$lol){
    $result[$key-1] = $lol;
}
echo json_encode($result);

Поможет вам array_merge()

<?
$files = array_diff(scandir("plug/lol/"), ['.','..']);
$array = [];
$lole = [
"count" => count($files)
];
//echo json_encode($lole);
foreach($files as $key=>$lol){
    $result = [
        $key-1=> $lol
    ];
    $array = array_merge($array, $result);
}
echo json_encode($array);
?>