Сравнить и объединить два .txt файла

Читаете первый файл и создаете массив в котором ключами будут значения строк.

Потом читаете второй файл и таким же образом добавляете в этот массив.

$out = [];
$handle1 = fopen("inputfile.txt", "r");
while (($line = fgets($handle1)) !== false) {
    $out[$line] = true;
}
fclose($handle1);
$handle2 = fopen("inputfile2.txt", "r");
while (($line = fgets($handle2)) !== false) {
    $out[$line] = true;
}
fclose($handle2);
$result = array_keys($out);