Структура приложения PHP

У меня обычно для несложных приложений с нуля структура, позаимствованная из систем пэкиджей Linux и Windows, некоторый микс:

1. В приложении есть модули
2. Каждый модуль хранится в своей папке (это список папок, а не дерево)
3. В этой папке есть подпапки, например, php, css, js, html, tpl
4. Любое обращение, за исключением запросов к файлам (картинкам), производится только к одному скрипту: index.php, в котором настраивается autoload.
5. Чтобы к index.php нельзя было обратиться напрямую, в файле .htaccess с помощью mod_rewrite задается переменная MODULE c соответствующим значением, например, admin или frontend (это названия модулей), которая будет видна в массиве $_SERVER
6. Усли у заданного модуля есть контроллер, хоторый лежит в файле modulename/php/Ctrl.php, то index.php созздает экземпляр этого контроллера и запускает.

Довольно удобно для небольших приложений без фреймворка, поскольку сразу понятно, какой файл где искать, в отличие от структур, в которых кучи однотипных файлов разных модулей свалены в одну папку, что требует еще и наличие установщика модулей.

Смотрите как это организовано в популярных фреймворках. Например:

• https://github.com/yiisoft/yii2-app-basic
• https://github.com/yiisoft/yii2-app-advanced
• https://github.com/zendframework/ZendSkeletonApplication

Да тот же 1С-Битрикс установите - посмотрите структуру как делать не стоит или наоборот стоит (тут на вкус и цвет...) ;)

А лучше на основе фреймворка и делать проект. Когда над вашим проектом будут работать другие люди - за самописное решение большого спасибо не скажут.

Именованием файлов, стайлгайд, автолоадер и т.д. обратите внимание на http://www.php-fig.org/psr/.

Если возникнет вопрос: а что изучать? Смотрите и отталкивайтесь от вакансий - что требуется и что чаще, а также вилку ЗП.

И не PHP едины - это главное не забывайте.