Упорядочить файлы по дате создания

Если вам требуется отсортировать файлы по дате создания, то можно решить задачу в пару этапов. Сначала собрать массив с датами создания, используя array_map и filectime(), затем слить оба массива и отсортировать по ключам (что в принципе вы и хотели).
Таким образом, если в $entries у вас имена файлов, то как-то так:

$ct = array_map('filectime', $entries);
$data = array_combine($ct, $entries);
ksort($data);

В целом все же это несколько корявый подход, и лучше сначала собрать массив, где элемент будет содержать информацию о времени создания и имени файла. А затем уже воспользоваться обычной сортировкой. Это исключит вариант с потенциальным повторением ключей.

$entries = array_map(function($f){ 
                   return ['f' => $f, 'ct' => filectime($f)];
               }, $entries);
usort($entries, function($a, $b){ return $a['ct'] - $b['ct']; });
$entries = array_column($entries, 'f');

Можно, конечно, и просто воспользоваться использованием filectime в функции-компараторе

usort($entries, function($a, $b){ return filectime($a) <=> filectime($b);});

Но это повлечет больше обращений к файловой системе при сортировке.

в дополнение:

В первом случае, можно сделать ключами имена файлов, поменять местами аргументы array_combine, а затем использовав обычную сортировку sort() и вернув ключи array_keys() с именами. Пожалуй, это будет оптимальным вариантом.

$ct = array_map('filectime', $entries);
$data = array_combine($entries, $ct);
sort($data)
$files = array_keys($data);

Еще более оптимальный вариант будет таким

array_multisort(array_map('filectime', $entries), SORT_DESC, $entries);