Замена текстовых запросов

$text = "(ref|https://stackoverflow.com|Текст) лучший сайт в мире";
$pattern = '/\((ref)\|(.*)\|(.*)\)/i';
$replacement = '<a href="$2">$3</a>';
echo preg_replace($pattern, $replacement, $text);

Выведет: <a href="https://stackoverflow.com">Текст</a> лучший сайт в мире

Разбирать структуру с выраженным синтаксисом нужно с помощью лексера/парсера.
Особенно если это не единичный случай.

Но всё же:

function translate($input){
  if(preg_match("_\(ref\|((?:https?|ftp)://(?:-\.)?(?:[^\s/?\.#-]+\.?)+(?:/[^\s]*)?)\|([^\)]+)\)(.+)?_iS", $input, $matches) === false) return false;
  return "<a href='" . $matches[1] . "'>" . $matches[2] . "</a>" . $matches[3];
}
$text = "(ref|https://stackoverflow.com|Текст) - лучший сайт в мире";
var_dump(translate($text)); // string(86) "<a href='https://stackoverflow.com'>Текст</a> - лучший сайт в мире"

Repl.it