GNU Make C++. Linux

увидел вариацию "в каждой папке по MakeFile"

наличие отдельного файла с инструкциями для программы gnu/make в каждом сборочном каталоге не всегда обязательно, хотя, наверно, удобно.

вместо тысячи слов лучше привести примитивный пример

пусть имеется такая структура файлов/каталогов:

$ tree
.
├── GNUmakefile
├── program.cpp
└── somepart
    └── somecode.cpp
1 directory, 3 files

минимально необходимое содержимое файла GNUmakefile для данного случая — всего одна строка, декларирующая, что «для получения program нужны program.o и somepart/somecode.o»:

$ cat GNUmakefile
program: program.o somepart/somecode.o

проверяем, какие команды будет выполнять make (опция -n, она же --dry-run, только выводит последовательность команд, не выполняя их):

$ make -n
g++    -c -o program.o program.cpp
g++    -c -o somepart/somecode.o somepart/somecode.cpp
cc   program.o somepart/somecode.o   -o program

чуть подробнее о том, откуда программа make всё это взяла — в другом моём ответе.

надо добавить что-нибудь в (например) опции для c++? используйте подходящую переменную:

$ cat GNUmakefile
CXXFLAGS += -I/путь/к/boost
program: program.o somepart/somecode.o

проверка:

$ make -n
g++ -I/путь/к/boost   -c -o program.o program.cpp
g++ -I/путь/к/boost   -c -o somepart/somecode.o somepart/somecode.cpp
cc   program.o somepart/somecode.o   -o program

если всё-таки подребуется отдельный файл, то вызывается он обычно рецептом вида:

$(MAKE) -C подкаталог

чтобы вызываемому экземпляру программы gnu/make «попала» какая-нибудь переменная, надо её явно экспортировать с помощью директивы export в «основном» файле:

export CXXFLAGS += ...