Архивация файлов, находящихся в MemoryStream

Вы можете воспользоваться функционалом класса ZipArchive.

Пусть, например, есть два потока

Stream stream1 = new MemoryStream(Encoding.UTF8.GetBytes("Hello"));
Stream stream2 = new MemoryStream(Encoding.UTF8.GetBytes("World"));

Положить их в архив можно так

using (var fileStream = File.Create("Archive.zip"))
using (var zipArchive = new ZipArchive(fileStream, ZipArchiveMode.Create))
{
    var zipEntry = zipArchive.CreateEntry("Hello.txt");
    using (var zeStream = zipEntry.Open())
        stream1.CopyTo(zeStream);
    var zipEntry2 = zipArchive.CreateEntry("World.txt");
    using (var zeStream = zipEntry2.Open())
        stream2.CopyTo(zeStream);
}

В вашем случае, соответственно, будет цикл по потокам.

Если файлы объёмные, то вместо использования MemoryStream целесообразнее может быть протянуть поток напрямую из БД.

Это можно сделать с помощью SqlDataReader. Что-то наподобие

SqlCommand cmd = /* команда для получения данных из БД */;
using (var reader = cmd.ExecuteReader(CommandBehavior.SequentialAccess))
{
    if (reader.Read())
    {
        int dataFieldIndex = ...;
        using (var dataStream = reader.GetStream(dataFieldIndex))
        {
            var zipEntry = zipArchive.CreateEntry("FileName.ext");
            using (var zeStream = zipEntry.Open())
                dataStream.CopyTo(zeStream);
        }
    }
}

Обратите внимание на модификатор CommandBehavior.SequentialAccess у метода ExecuteReader. При его использовании метод GetStream возвращает SqlSequentialStream (внутренний класс в System.Data.SqlClient), который вычитывает данные пакетами по мере необходимости. Если не использовать SequentialAccess, то метод GetStream будет вычитывать данные полностью и возвращать их обёрнутыми в MemoryStream.

Если бинарные данные в БД лежат в столбце с типом varbinary(max) FILESTREAM, то, вдобавок, можно вытащить их с помощью SqlFileStream.