Где расположить вложенный класс в C#?

Вы можете использовать частичные (partial) классы.

В одном файле внешний класс:

partial class Outer
{
    // properties, fields, constructors, methods
}

В другом файле внутренний класс:

partial class Outer
{
    class Inner
    {
    }
}

Скажу вам по секрету - можно вообще весь проект писать в одном файле и ничего страшного не случится :D Кроме инфаркта у архитектора приложения, конечно же)

Куда именно и что класть целиком зависит от кодстандарта и вашего представления о прекрасном :)