Не правильная дозапись в бинарный файл C#

Разделяй и властвуй древнейший принцип, который годится и для программирования. Я набросал примерный способ решения вашей задачи с комментариями пожеланиями и пояснениями. Он естественно никак не проверялся на ошибки, считайте это просто Набросок того что должно быть. Раскрашивать и дорисовывать это уже ваша задача.

//методы принято называть с английскими глаголами вначале:   Get,Set,Make,Load и т.д.
public void MakeCycle()
{
    //пути к файлам, адреса сайтов и проч. нужно делать
    //приватными константными полями класса
    //или параметрами метода,
    //но не локальными переменными метода
    string pathN = @"E:\DELETE\n.dat";
    string pathNr = @"E:\DELETE\nr.dat";
    //первый список
    List<ReadSr> listReadSr1 = GetListReadSr(pathN, new SectionHelper());
    //проверяем, если получили пустой список, то прерываемся на этом 
    if (!listReadSr1.Any()) return;
    //второй список
    List<ReadSr> listReadSr2 = GetListReadSr(pathNr, new SectionHelper());
    //проверяем, если получили пустой список, то прерываемся на этом 
    if (!listReadSr2.Any()) return;
    //теперь займемся сравнением и записью
    int count = CompareAndWriteReadSrLists(listReadSr1, listReadSr2, pathNr);
}
private List<ReadSr> GetListReadSr(string pathFile, SectionHelper helper)
{
    //локальные переменные именуются со строчной буквы (чтобы отличать их от свойств и классов)
    var lengthNumber = helper.AllocatedSection(8);
    var lengthYear = helper.AllocatedSection(8);
    var lengthShift = helper.AllocatedSection(3);
    var lengthDay = helper.AllocatedSection(5);
    var lengthMonth = helper.AllocatedSection(4);
    var lengthRs = helper.AllocatedSection(4);
    //готовимся
    List<ReadSr> result = new List<ReadSr>();
    ReadSr readSr = null;
    //читаем файл и создаем список объектов типа ReadSr
    try
    {
        using (BinaryReader reader = new BinaryReader(
                    File.Open(
                    pathFile, 
                    FileMode.Open, 
                    FileAccess.Read, 
                    FileShare.ReadWrite)))
        {
            Int32 line = 0;
            BitVector32 bVector = null;
            while (reader.PeekChar() > -1)
            {
                line = reader.ReadInt32();
                bVector = new BitVector32(line);
                //создаем новый экземпляр ReadSr
                //(я не знаю как в этом классе называются свойства, поэтому отсебятина )
                readSr = new ReadSr()
                {
                    Number = bVector[lengthNumber],
                    Year = bVector[lengthYear],
                    Shift = bVector[lengthShift],
                    Day = bVector[lengthDay],
                    Month = bVector[lengthDay],
                    Rs = bVector[lengthRs]
                };
                //добавляем в список новый экземпляр
                result.Add(readSr);
            }
        }
    }
    catch(Exception)
    {
        Debug.WriteLine("Ошибка чтения файла в методе GetReadSr()");
        return new List<ReadSr>(); //ошибка, тогда пустой список
    }
    return result;
}
private int CompareAndWriteReadSrLists(List<ReadSr> sourceList, List<ReadSr> targetList, string pathFile)
{
    //счетчик записанных элементов, который будем возвращать
    int result = 0;
    try
    {
        using (BinaryWriter writer = new BinaryWriter(
            File.Open(
            pathFile,
            FileMode.Append,
            FileAccess.Write,
            FileShare.ReadWrite)))
        {
            for (int i = 0; i < sourceList.Count; i++)
            {
                //если экземпляры не равны и у источника год > 14 
                if (!ReadSrPropertiesCompare(sourceList[i], targetList[i])
                    && (sourceList[i].Year > 14))
                {
                    //пишем в файл
                    writer.Write(sourceList[i]);
                    //счетчик записанных элементов
                    result++;
                }
            }
        }
    }
    catch()
    {
        Debug.WriteLine("Ошибка записи в файл в методе CompareAndWriteReadSrLists()");
    }
    //
    return result;
}
private bool ReadSrPropertiesCompare(List<ReadSr> sourceElement, List<ReadSr> targetElement)
{
    //здесь сравниваем все свойства у двух экземпляров
    //и если все свойства равны, то возвращаем true
    //а еще лучше в классе сделать override метода Equals()
    //и тогда этот метод бы не понадобился
    //а можно было бы сравнивать sourceElement.Equls(targetElement)
}