Есть ли какой-нибудь способ встроить в своё приложение вход, отправку и получение сообщений от Whatsapp?
Как понял речь про oAuth. Именно протокола нет, НО не сложно сделать подобное через api где можно подгружать данные о пользователе. Делаем ссылку на wa.me/{номер вашего аккаунта с ботом}?text={любой идентификатор входа выглядящий как приветственное сообщение}, как только получаем сообщение на бота мы надежно верифицируем человека, пишем ему приветствие и либо предлагаем ссылку для возврата на сайт, либо сайт сам отслеживает статус авторизации. Я делал подобное через ChatAPI на трех проектах, т.к. все сообщения входящие, то с банами не сталкивался. Можно еще попробовать сделать через официальный API, но с ним я не работал.
Основные этапы разработки сайта для стоматологической клиники
Продвижение своими сайтами как стратегия роста и независимости