Работа RandomAccessFile.seek()

Пожалуйста, объясните как работает данный метод.
То, что он перемещает курсор на определенную позицию в байтах это я знаю, но все равно у меня лажа получается.
Есть файл состоящий из нескольких строк и в определенную мне нужно дописать символ(два, три и т.д.). Строки равные по своей длине. Номер строки куда писать является входящим значением, но всегда приходит по порядку и кол-во символов которое дописывается тоже одинаковое.
Я беру первую строку(так как это String, то можно вызвать getBytes()), если номер строки не 0, то умножаю длинную массива байт на номер строки(в моем понимании должен получить именно то количество байт которое необходимо). Передаю полученное значение в seek() и пишу в файл то, что мне нужно. Но все равно раз за разом получаю белиберду.

Подправил. Сам метод пишет в файл определенную цифру. Если не использовать перевод строки, то пишется в одну линию так как ожидаемо(0 1 2 3 0 1 2 3 ..). А при переходе на новую строку я получаю

0
0 3

А ожидаю:

0 0 0 ... 0
1 1 1 ... 1
2 2 2 ... 2
3 3 3 ... 3

Код метода:

 private static synchronized void controller(int number, RandomAccessFile raf) throws IOException {
    String file = raf.readLine()+"";
    String line = "";
    if(number!=0)
        raf.seek(file.replaceAll("null","").getBytes().length * number);
    else
        raf.seek(file.replaceAll("null","").getBytes().length);
    line = raf.readLine() + "";
    line = line.replaceAll("\n","").replaceAll("null", "") + number + " ";
    line += "\n";
    raf.write(line.getBytes());
}

код вызова метода:

RandomAccessFile file = new RandomAccessFile("someFile.txt","rw");
new Thread(new Runnable() {
    @Override
    public void run() {
        for (int i = 0; i < 10; i++) {
            try {
                controller(0, file);
                controller(1, file);
                controller(2, file);
                controller(3, file);
            } catch (IOException e) {
                e.printStackTrace();
            }
        }
    }
}).start();

в идеале конечно же переписывать с нуля файл, но это уже другой вопрос и с этим буду раздираться позже