Как лучше останавливать скрипт?

Ваш вариант вполне рабочий, но для каждого экземпляра запущенного скрипта будет нужна отдельная запись в базе. Вообще такая запись есть уже в самой ос -- это pid запущенного процесса. Зная pid, в процесс можно послать сигнал, который можно обработать и завершить работу.

Вот например такой скрипт

<?php
pcntl_async_signals(true); // без этого обработчик не заработает
echo getmypid(), "\n";
$term = false;
pcntl_signal(SIGTERM, function() use(&$term) {
    $term = true;
});
while (!$term) {
    echo date("H:i:s\n");
    sleep(5);
}
echo "Bye!\n";

Если его запустить php main.php, то он будет висеть в бесконечном цикле. Если вызвать kill pid, то сработает обработчик и процесс завершится.

В любом случае принцип такой: запущенный скрипт как-то идентифицируется, ему передаётся сообщение о необходимости завершить работу.

сделал файлы-флаги, в которых записан статус работы скрипта