Как увеличить на 1 все записи через updateAll в Yii2?

Можно попробовать так:

$model->updateCounters(array("number "=>"1"), $conditions);

http://www.yiiframework.com/doc-2.0/yii-db-baseactiverecord.html#updateCounters()-detail

Хотя возможно надо updateAllCounters. Хоть раньше было можно использовать и updateCounters в таком случае

Пока писал вопрос, разобрался.
Надо было сделать так:

$expression = new Expression('`number` + 1');
Model::updateAll(['number' => $expression], $condition);