не получается убрать альфа канал

Как правильно предложил @Naumov, можно создать картинку размера исходной, заполнить цветом фона и наложить поверх изображение с прозрачностью:

<?php
$input_file = "test.png";
$output_file = "test.jpg";
$input = imagecreatefrompng($input_file);
list($width, $height) = getimagesize($input_file);
$output = imagecreatetruecolor($width, $height);
$white = imagecolorallocate($output,  255, 255, 255);
imagefilledrectangle($output, 0, 0, $width, $height, $white);
imagecopy($output, $input, 0, 0, 0, 0, $width, $height);
imagejpeg($output, $output_file);

via