В чем разница между createFromFormat('U', $date) и setTimestamp($date)?

U - означает "количество секунд с начала Эпохи Unix (January 1 1970 00:00:00 GMT)" (см. тут)

А UNIX основное время всегда считает в UTC.

Москва - это UTC+3

Поэтому первая функция выдает тебе ответ, исходя из того, что время задано в UTC, а вторая, исходя из того, что время задано местное.

Все правильно

Пока писал вопрос, разобрался с ответом. Дело в том, что DateTime::createFromFormat('U', strtotime('2017-09-26 12:00:00')) это статичный метод, который не видит наш часовой пояс. А когда мы пишим (new DateTime())->setTimestamp(strtotime('2017-09-26 12:00:00')) то в конструкторе объекта (new DateTime()) часовая зона проставляется.
Для себя решил использовать такой код

DateTime::createFromFormat('U', $time)
    ->setTimeZone(new DateTimeZone(date_default_timezone_get()))
    ->format("Y-m-d H:i:s");