Выводит только первую строку

Вам $mysqli->query возвращает resultset, который необходимо перебирать в цикле. Например, вот так:

<?php
for ($j = 0; $j<7; $j++) {
  $day = $days[$j];
  $result = $mysqli->query("SELECT `time` FROM `table` WHERE `date`='$day'");
  while ($rows = $result->fetch_assoc()) {                        
    for ($i = 0; $i<count($rows); $i++) {
      echo 'document.getElementById("dynamic").rows['.$i+2).'].cells['.$j.'].firstChild.data = "'.$rows["time"].'";';
    }
  }
}